デザインスキンの構造を自由化してほしい

結論から言うと、それはできません。

デザインスキンが現在のような構造になっているのには、2つの理由があります。

1つはデザインスキン制作の敷居を下げるためです。構造を固定化してしまうことで、書く場所に迷う、ということをなくしてしまい、なるべく多くの人がつくれるようにという意図があります。

もう1つは、カスタマイザーとの兼ね合いです。カスタマイザーでデザインスキンを選択するとプレビュー画面がリロードされてデザインスキンが切り替わる（加えてカスタマイザーの他の項目が選択できないようになる）という挙動になっているのですが、カスタマイザーのプレビュー画面に意図したとおりにデザインスキンを適用するには、どうしても wp_loaded 以降にフックして実行してやる必要があります。つまり、普通のプラグインはかなり早い段階のフックについても利用できますが、デザインスキンの場合は wp_loaded より後のフックからしか利用できないという制限があるのです。普通のプレーンな（my-snow-monkey.zip のような）プラグイン構造にしてしまうとその辺の制限が微妙になるため、ガチガチ目に構造を固定している、というのもあります。

そういうことで、デザインスキンの構造を自由化するのは難しいのですが、とはいえ、子テーマでやりたいようなテンプレートの書き換えなんかは wp_loaded 以降でもフックが利用ができるので、なるべく統合したいということでしたら、my-snow-monkey.zip（というか my-snow-monkey.zip はほぼほぼプレーンなプラグイン構造なので、何も制約はないので） に寄せるのではなく、デザインスキンに寄せてしまうほうがまとまりは良いのではないかと思います。