スキンを作る方法（流れ）

プラグインでつくるのですよね。

そうですね。デザインスキンもプラグインですが、デザインスキンの場合はデザインスキンとして準備されている型やファイル構成などに合わせて作成する必要があります。（解説記事に構成が記載されているとおりです）

CSSはどの様に指定すればよいのでしょうか？
上書き用CSSをフックで読み込ませるのでしょうか

デザインスキンは基本的に、
customize-control.jsでカスタマイザーの値を変更されては困る部分などを固定化し、
design-skin.cssにデフォルトのスタイルを上書きして、デザインをカスタマイズする形となると思います。

解説記事にあるビジュアルエディタ用の CSS は、ブロックエディターとなった今は必要ないことが多いので、最初は無視しても良いと思います。

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このケースは、場合によって、my snow monkeyでやる方が良い場合もあるなど、スタイルなどの構想パターンによっても良い方法は異なるかもしれません。

デザインスキンは、構造上からも phpでフックを使ってカスタマイズしまくる…と言う事はあまりしない方が良いので、構造を大きく変える場合、デザインスキンではないプラグインを作って、デザインスキンと併用する方が管理もしやすくなると思います。（デザインスキン ＋ my snow monkeyプラグインの2つで大きくカスタマイズする形を推奨とされているようです）

構想中とありますが、大きくデザインを変更するようなものをお考えであれば、
デザインスキンでカスタマイズする部分と、my snow monkeyで大きく変更する部分などと言うように
別に考えれば、理解しやすいと思います。
また、大きなカスタマイズは最初からしようとせずに、まずは見出し程度のCSSの上書きという形で、最小のスキン化を行ってみてください。上手くいけば、スキン化する部分を広げていくと良いデザインスキンが作れていくと思います。

@Kmical Lights さんありがとうございます！

@小山智久さん

まず、デザインスキンの存在理由について書きます。Snow Monkey 以外の一般的なテーマでは、デザイン違いのバージョンは大抵「子テーマ」として配布されています。ただ、WordPress は仕様上「子テーマの子テーマ」はつくれないので、デザイン違いのバージョンが子テーマとして提供されてしまうと、その子テーマを使ったユーザーがさらにデザインを変えたいと思った場合は変える方法がなくなってしまいます。

そこで Snow Monkey はデザイン違いのバージョンを提供する方法として「デザインスキン」機能をつくりました。これならデザインスキンをつかったユーザーがさらにデザインを変えたい場合は子テーマで変更することができます（今となっては My Snow Monkey でもできますが…）。これがデザインスキンの存在理由です。

ということで、もし小山さんが Snow Monkey のデザイン違いのバージョンを配布したいということであればデザインスキンをつくるのが最適ということになりますが、案件に応じてデザインを都度都度調整する場合はデザインスキンは使わずに My Snow Monkey や子テーマで完結させたほうがシンプルかもしれません。My Snow Monkey や子テーマで CSS や JS を読み込む場合は Snow Monkey 独自のお作法はありませんので、ファイルを作って WordPress 標準である wp_enqueue_script() や wp_enqueue_style() を使って読み込むことになります。

CSSは、assets/css/style.min.cssを上書きしてやればよいでしょうか。minify化されているので、編集が困難です。minify化まえのソースはありますでしょうか？

「上書き」が CSS の上書きを指しているのであればそのとおりですが、CSS ファイル自体の直接編集のことを指しているのであれば NG です。もしかしたら以前も書いたかもしれませんが、親テーマは直接編集してはいけません。子テーマで独自の CSS ファイルを追加して、そこに CSS を記入しSnow Monkey のスタイルを上書きしていくという流れになります。

この辺も Snow Monkey のお作法ではなく WordPress の一般的なカスタマイズの方法になりますので、Codex や書籍を一読されると理解が早いと思います。