ヘッダやフッタなどのインクルード

Snow Monkey は WordPress の仕組みは潰さずに拡張するという方針で開発しているので、基本的には他の（スタンダードな）テーマで行う方法は Snow Monkey でもできるはずです。今回の場合だと子テーマで既存テンプレートを上書きして、それに include 文でオリジナルな記事一覧を読み込ませるのような感じになりますかね。

加えて、できはするけどもっと良い方法がありますというのが Snow Monkey 的なところで、snow_monkey_pre_template_part_render や snow_monkey_template_part_render を使って既存テンプレートを書き換えたり部分的に追加したりと言ったことができます。実際の書き方は具体的にどこになにをどう出したいかを投稿頂ければお答えできるかなと思います。

ただ、

例えば何らかの記事を wordpress とは別管理するプログラムをサイトに追加して、それが書き出す自前の「記事一覧ページ」といったものを wordpress で管理している他のページと同じデザインで書き出されるようにする

という場合、もしそれを埋め込む先が記事部分であるようなら、僕ならショートコードの形で実装するかなと思います。ショートコードは WordPress 的にスタンダードな API ですし、一番手っ取り早くて簡単なので。